Çörek otunun zararları, çörek otu, az miktarlarda tüketildiğinde genellikle çoğu insan için zarar verici değildir. Besinlerin ve hamur işlerinin içerisinde veya üzerinde baharat şeklinde kullanılması ve bu şekilde tüketilmesinin hiçbir zararı yoktur. Çörek otu özü ve yağı ise kısa zamanlı tıbbi kullanımlarda oldukça güvenlidir. Ancak uzun süre kullanıldığında güvenli olup olmadıkları hakkında yeterli bilgi bulunmamaktadır. Diğer taraftan çörek otu, alerjik kaşıntılara sebep olabilmektedir.
Çörek otunun zararları 
Kontakt dermatit, çörek otunun bir yan etkisi ve zararlarından bir tanesidir. Kontakt dermatit, alerji ya da tahrişin aksine farklı bir şekilde reaksiyon vermektedir. Sadece çörek otuna elini sürmesi halinde dahi, cilt üzerinde kırmızı döküntüler meydana gelmektedir. Bu ciltteki kırmızı lekeler genellikle kaşıntı ile meydana gelmektedir. Kontakt dermatitte aynı zamanda vücudun bazı bölümlerinde su toplama, ağrı ve hassasiyet şeklinde durumlarda ciltte meydana gelmektedir.
Tansiyon, değerlerinin düşmesine sebep olan çörek otu, yüksek tansiyon tedavisinde kullanılan ilaç ya da idrar söktürücü ilaç kullanımı varsa çörek otunun zararları olabilmektedir. Hipotansiyon diğer bir adıyla düşük tansiyon ise beyin, kalp ve diğer organlara oksijen taşınmasını engellemektedir. Bundan dolayı da derin nefes alamama, baş dönmesi, sersemlik, bulantı, halsizlik ve bulanık görme gibi problemler ortaya çıkabilmektedir. Tansiyon değerleriniz ve kan basıncınız çok düşük ise çörek otu tüketilmesi hayati risk oluşturabilmektedir.
Çörek otundan elde edilen çörek otu yağı, yüksek dozlarda alındığında, böbrek veya karaciğerde hasar oluşmasına sebep olabilmektedir. Bu durum kobay fareler üzerinde kilogram başına 2 gram ve üstü oranında verilen çörek otu yağının zararlarından yola çıkılmıştır. Çörek otunun insan üzerinde karaciğer ya da böbreklere olan etkileri ile ilgili araştırmalar halen devam edilmekle birlikte sırt ağrısı, sarılık, halsizlik, idrarda değişim, karın ağrısı veya kaşıntılı cilt problemlerine yol açabilmektedir.
Hamile bayanların çörek otu kullanması, kesinlikle uygun değildir. Bunun nedeni çörek otu, ana rahmindeki bebeğin düz kas kasılmalarını olumsuz etkilemektedir. Yiyeceklerde az miktar da baharat olarak kullanılan çörek otu çoğu zaman zararsızdır. Fakat yüksek dozlarda alındığı zaman çörek otunun zararları bulunmaktadır ve güvenli değildir. Çörek otunun hamileler üzerindeki yan etkileri tam olarak kesinleşmediği için, hamile bayanların kullanmaması daha sağlıklı olacaktır. Emziren kadınlardaki etkisi de çok fazla bilinmemektedir. Bundan dolayı uzak durulması gerekir.
Alerji, herhangi bir bitkisel takviye ve çörek otu sindirimi sırasında alerjik reaksiyona sebep olmaktadır. Ayrıca çörek otunun alerjik reaksiyonu kontakt dermatit şeklinde ya da dil, boğaz, dudak ve yüzün şişmesi şeklinde reaksiyon vermektedir. Hatta çörek otu, nefes almada güçlük, ağızda uyuşukluk ve baş dönmesi, bulantı, kusma, ishal, karın bölgesinde kramp, kurdeşen, karıncalanma şeklinde problemlere yol açabilmektedir.
Çörek otu bazı kişilerde, kandaki şeker seviyesinin düşmesine sebep olabilmektedir. Bundan dolayı eğer, kan şekeri seviyesinde düşüklük yani hipoglisemi söz konusu ise ya da kan şekerine dikkat edilmesi, çörek otunu kullanmamak daha sağlıklı olacaktır.
Çörek otunun zararları arasında aynı zamanda kan pıhtılaşmasını yavaşlatmasıdır. Bundan dolayı çörek otu, kanama riskini oldukça arttırmaktadır, kanama sorunlarını daha da kötüye götürebilmektedir.
Çörek otu bazı kişilerde, kan pıhtılaşmasını yavaşlatarak, kan şekerini düşürdüğü ve uyuklamayı çok artırdığı için, ameliyata girmeden en az iki hafta öncesinde kullanımı bırakılmalıdır. Ameliyat sırasında ve sonrasında kan pıhtılaşmasını yavaşlatır ve kan şekerini düşürür bunun içinde risk oluşturmaktadır.
Eğer ilaç kullanımı söz konusu ise çörek otu kullanılmadan önce mutlaka doktora danışmalıdır. Çörek otunun bu koruyucu etkisi radyoterapi ve kemoterapi gibi bazı kanser tedavi şekillerine müdahale ederek, zararlı hücrelerin hızlı bir şekilde büyüyüp çoğalmalarına neden olmaktadırlar.
Çocuklarda doğru dozajlarda ve kısa süreli olarak çörek otu yağının kullanılması oldukça güvenlidir. Fakat aşırı doz çörek otu kullanımı zararlı olacaktır.