Karpuz uzmanların çoğu zaman önerdiği meyvelerden biridir. Ancak karpuz tüketimine dikkat etmekte yarar vardır. Özellikle aşırı karpuz tüketiminin bazı yan etkileri bulunmaktadır. Bunların başında sindirim sistemini olumsuz etkilemesi ve gaz yakınmasına neden olması gelir. Karpuz sanıldığı kadar masum bir meyve değildir.. Fazla tükettiğinizde midenize dokunabilir. Likopen bakımından zengin bir meyve olan karpuzu fazla tüketirseniz mide bulantısı, kusma, ishal, hazımsızlık, gaz gibi sorunlarla karşı karşıya kalabilirsiniz. Karpuzun bu etkileri özellikle gaz sorunu içerdiği yüksek miktardaki fruktoz şekerinden kaynaklanır. Çünkü fruktoz şekeri sindirim sistemimizde kolay absorbe edilemez. Bunun dışında karpuzun içeriğinde bir şeker türü olan sorbitol bulunduğu için yine mide ve sindirim sistemiyle ilgili sorunlar yaşanabilir. Sorbitol intoleransı bulunan kişilerde bu yüzden ishal, gaz, mide bulantısı gibi yakınmalar ortaya çıkabilir. Görüldüğü gibi karpuz çok faydalı bir meyve de olsa, tüketimde aşırılığa kaçılmasının sonuçları kötü olabilir. Diğer besinler gibi karpuzun da dozunda tüketilmesinde yarar vardır.