Mantarın zararları, mantar normalde çok sayıda hastalığa iyi gelen, vitamin ve mineral açısından zengin sevilen bir besindir. Doğal ortamda yetiştiği gibi, kültür bitkisi olarak da yetiştirilir. Çok sayıda çeşidi bulunan bir besindir. Vücudu ihtiyacı olan aminoasitleri içeren, protein bakımından zengin, diyetlerde düşük kalorisiyle tercih edilen, beyin ve sinir sisteminde faydalı, kemik gelişiminde, bağışıklık sisteminin güçlendirilmesinde faydalıdır. Ancak mantar bunların yanında içeriğinde bazı zararlı maddeler bulundurabilir. Çok sayıda türü olan mantarın, doğada yetişen türlerinin bir kısmı zehirli özellik taşımaktadır. Zehirli mantarların az miktarda tüketilmesi bile ölümle sonuçlanabilir.

İnsanlar kültür mantarı tükettiği gibi, doğadan topladıkları yabani mantarları da tüketirler. Doğal mantarların çoğunun kültür mantarından daha lezzetli olduğu söylenmektedir. Ancak doğada yetişen türlerinin içinde zehirli olanları bulunmaktadır. Zehirli mantarları belirlemek için belirli bir ayrım bulunmamaktadır. Bu nedenle tanınmayan mantarların tüketilmemesi gerekir. Bazı türlerin çok az bile yenmesi insanı öldürecek kadar zehirli etki yapabilir. Doğada yenilebilen ve zehirli olan mantarlar aynı ortamda yan yana bile yetişebilir. Lezzeti ve tadı diğerleriyle aynı olabilir. Yani rengiyle, kokusuyla ve tadıyla mantarın zehirli olup olmadığı anlaşılamaz. Bu durumda kültür mantarlarının daha güvenli olduğu söylenebilir.

Mantarlar nedeniyle insan ve hayvanlarda oluşan hastalıklar mikoz olarak tanımlanır. Özellikle tropikal iklim koşullarında bu rahatsızlıklar daha yoğun görülür. Kanser, organ nakli, şeker hastalığı, AIDS gibi rahatsızlıklarda bağışıklık sistemi baskılandığından, mantar enfeksiyonu meydana gelebilir. Mantar sporları havaya karıştığından insanlarda astım ve alerji gibi etkilere neden olabilir. Tarım alanında özellikle tek ürün yetiştirilen yerlerde kayıplara neden olabilir. Dünyada bu şekilde mantarların neden olduğu büyük kayıplara rastlanmıştır.

Mantarların içeriğinde bulunan kalsiyum ve fosfor böbrek hastaları başta olmak üzere bu mineralleri tüketmesi sakıncalı olanlara zararlı olabilir. İçeriğindeki okra toksinler ve afla toksinler karaciğer ve böbreklerin hasara uğramasına neden olabilir. Çavdar mahmuzu denilen mantar türü çavdar unuyla karıştırılarak tüketilirse, bencillik denen hastalığa sebep olur. İnsanlarda ve hayvanlarda gebelikte düşüğe ve ölüme neden olabilirler. Bu nedenle çeşitli hastalıkları olanlar mantarı doktoruna danışarak tüketmelidir.

Ilıman bölgelerde mantarlar mikroskop, teleskop, kamera gibi optik malzemelerin küflenmesine ve zarar görmesine sebep olur. Mantarlar besin olarak kullandıkları deri, petrol ürünleri, kereste ve tomruk gibi ağaç mamullerinin zarar görmesine neden olabilir. Besin maddelerinin bozulmasına neden olarak, insan sağlığını riske atabilir, maddi zararlara neden olabilirler.